La microscopie est la méthode historique et de référence en mycologie. Depuis les débuts de l’étude des champignons, les mycologues identifient les espèces en observant leurs caractéristiques au microscope.
Aujourd’hui encore, cette observation constitue la base du travail de tout bon mycologue. L’étude des hyphes, spores, basides, cystides et autres structures permet de reconnaître et de différencier les espèces avec précision.
Les données utilisées pour les analyses ADN reposent elles-mêmes sur des espèces et des références préalablement identifiées grâce aux travaux des mycologues et à l’étude de leurs caractéristiques morphologiques.
Lorsque les caractéristiques observées sont suffisamment représentatives, la microscopie permet à elle seule d’établir une identification fiable et scientifiquement argumentée.